よくあるパターンですが、WordPressの投稿ループの間に広告を挿入する方法です。

３の倍数毎に広告を挿入する

<?php
global $wp_query;
if ( have_posts() ) :
	while ( have_posts() ) : the_post();
		get_template_part( 'template/content' );
		if(($wp_query->current_post + 1) % 3 === 0){
			// ここに広告コード
		}
	endwhile;
else :
	get_template_part( 'template/content', 'none' );
endif;
?>

３番目の投稿の次にのみ広告を挿入する

<?php
global $wp_query;
if ( have_posts() ) :
	while ( have_posts() ) : the_post();
		get_template_part( 'template/content' );
		if(($wp_query->current_post + 1) == 3){
			// ここに広告コード
		}
	endwhile;
else :
	get_template_part( 'template/content', 'none' );
endif;
?>

ポイントは

global $wp_query;

でグローバル変数$wp_queryを呼び出して、

$wp_query->current_post

で投稿番号（0始まり）を取得して、指定した数値と照合して使用します。