<div class='box'>中身</div>
<div class='box'></div>
<div class='box'>中身</div>

このようなコードなら、

$('.box:empty').remove();

としてやれば、

<div class='box'>中身</div>
<div class='box'>中身</div>

のように、中身が空の要素（.box）のみ削除出来ます。

しかし、

<div class='box'>
　中身
</div>
<div class='box'>
</div>
<div class='box'>
　中身
</div>

のようなコードだと、改行コードが含まれているため、:emptyは使えません。

なので、

$('.box').filter(function () {
　return $(this).text() === '\n';
}).remove();

とすると、中身が改行コードだけの要素（.box）を削除出来ます。